Personellement je pense qu'au niveau des grades tu dois pouvoir rejoindre un Nacire avec un Capitaine de même grade. En effet si on regarde le manga, à Enies Lobby il y a des tonnes de Colonel à bord de mêmes navires. La cohabitation se fait donc.
Et puis au niveau de la Marine en elle-même, sur un Navire celui qui a le grade de "Capitaine" de Navire, sera de toute façon toujours au dessus des autres, puisque c'est lui qui fait l'autorit" à bord.